為了提供高鐵接駁，台鐵內灣支線及沙崙支線正在努力趕工，負責施工的鐵路改建工程局表示：沙崙支線預定明年一月啟用，目前已經開始啟動營運前準備，十月開始全面測試。未來路線規劃安排區間列車往返於沙崙及台南新市或新營之間，提供台南市區、南科園區與高鐵之間的接駁。新建的沙崙車站與高鐵車站連通，旅客方便轉乘。至於內灣支線，則是遭遇廠商財務週轉不靈，更換包商，目前進度還在追趕。（彭群弼報導）

台鐵與高鐵之間的鐵道輸運接駁，當初核定將沙崙支線及內灣支線進行擴充升級，一方面讓台鐵支線兼具區域捷運功能，一方面也希望扮演接駁角色。經過幾年的施工，逐漸接近尾聲。

負責興建的鐵路改建工程局表示：新建的沙崙支線，樣子非常「不台鐵」，從中洲延伸到沙崙車站的支線，全程高架興建，並採用版式軌道，沒有傳統鐵路的道渣，乍看之下，與捷運，高鐵的路線幾乎一模一樣，只不過，未來在高架橋上跑的是台鐵的區間列車。

鐵工局表示：沙崙支線與台南車站銜接之外，未來也計畫延伸到南科園區，因此支線的起迄點目前正由台鐵規劃中，未來不排除延伸至台南新市，甚至新營，作為對開往返的起迄點。沿途開闢捷運化高架車站。

不過一波多折的內灣支線，則是先後遭遇到用地取的困難，得標廠商倒閉等大麻煩，去年底由新的廠商接手趕工，換手之前的進度只完成了一半多一點。明年四月的完工期限，還有得拼。沙崙支線則是在吳揆下令之後，以明年元旦通車為目標。